Ủy ban Kiểm tra Trung ương qua kỳ họp từ ngày 28/11 đến ngày 30/11/2016 tại Hà Nội, dưới sự chủ trì của ông Trần Quốc Vượng - Ủy viên Bộ Chính trị, Chủ nhiệm Ủy ban Kiểm tra Trung ương quyết định thi hành kỷ luật với hình thức khiển trách với ông Trần Công Chánh liên quan tới vụ Trịnh Xuân Thanh với những lý do sau:

• Trên cương vị là Phó Bí thư Tỉnh ủy, Chủ tịch UBND tỉnh Hậu Giang nhiệm kỳ 2010-2015, ông Chánh có phần trách nhiệm với các khuyết điểm, vi phạm trong việc đề nghị tiếp nhận Trịnh Xuân Thanh từ Bộ Công thương về làm Phó Chủ tịch UBND tỉnh Hậu Giang và tham gia Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh; sai phạm trong việc chỉ đạo Công an tỉnh cấp biển số xe công cho xe tư nhân để Trịnh Xuân Thanh lưu thông trái quy định.
• Là Bí thư Tỉnh ủy nhiệm kỳ 2015-2020, với trách nhiệm là người đứng đầu, ông Trần Công Chánh đã buông lỏng lãnh đạo, thực hiện chưa nghiêm nguyên tắc tập trung dân chủ trong sinh hoạt của Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh.[6].